A może jakieś specjalistyczne warsztaty. Np.
Browar produkuje zwykłe piwo, które kosztuje 50 za beczkę a ulepszony browar produkuje piwo "Patrycjusz" i kosztuje 90 za beczkę i jest mocniejsze. Zamiast używać 10 beczek zwykłego piwa można użyć 5 "markowego" piwa. W menu nie było by zamieszania z plusami a do podczas budowy i działania takiego zakładu płaciło by się także za wykształcenie robotników.

To znaczy, chodzi o coś takiego, że zwykły browar wyrabiałby zwykłe piwo, a każdy lepszy browar (nieważne, czy w Otwocku czy klasztorze Shao-Lin) wyrabiałby piwo Patrycjusz? To po prostu zastąpienie plusów nazwami, jednak istotnie przejaśniłoby to grę... Na giełdzie może być oddzielna zakładka "wyroby firmowe" czy tam "specjalistyczne".

Mam pytanie, czy będzie coś w rodzaju ograniczeń dot. religii danego człowieka? W XIV w. była ta cała afera z lutrem...

Ograniczenia dot. religii? Nie wiem, choć warto by było coś wymyślić.
Z tymi zakładkami to nie głupi pomysł, skoro towarów ma być jak najwięcej to można by było je podzielić na więcej grup. Np:
- żywność,
- budulec,
- półprodukty,
- inne,
- wyroby specjalne.

Wraz z informacjami dot. miasta można by napisać aktualnie panującą religię. Kupiec w mieście z religią inną niż panująca w danym mieście uzyskiwałby tam wolniej reputację, otrzymywałby sroższe kary za wykroczenia. Z tego co pamiętam z lekcji historii w Polsce w XVI w. panowała duża tolerancja religijna, więc u nas to po prostu by nie obowiązywało. Wybierając dane miasto, w którym chcesz rozpocząć kupiecką przygodę będziesz automatycznie i nierozerwalnie związany z panującą tam religią. Tylko nie mogę wymyślić jakiś udogodnień związanych z daną religią. Pomyślę nad tym.
Przy okazji ponowię moje pytanie: czy będzie system cechów w miastach?

Może zrobi się tak, że kupcy z daną religią nie będą obsługiwani lub będzie się ich unikać tak jak kupców z wrogiego kraju.
Co do cechów to raczej nie.